San Andrés está cruzada de sur a norte por una pequeña serranía cuya máxima altura se encuentra en el cerro La Loma de unos 85 ms de alto.4​ Los suelos de San Andrés indican que su formación se debe a la erupción de algún volcán antiguo que arrojó rocas del fondo marino a la superficie, creando la mayoría de islas del archipiélago.
Así mismo la isla está rodeada en su parte noroeste por la tercera barrera de coral a nivel mundial y de varios cayos que son el hogar de variada fauna y flora marina, por lo que son visitados por multitud de turistas cada año.